iTRAQ蛋白质相对定量分析
iTRAQ是美国应用生物系统公司ABI研发的一种多肽体外标记技术，采用4种或8种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，进行串联质谱分析，可同时比较4种或8种不同样品中蛋白质的相对含量或绝对含量。
TMT同位素标记定量技术
该技术采用2种、6种或10种同位素的标签，特异性标记多肽的氨基基团，经过串联质谱LC-MS/MS分析，可同时比较2组，6组或最多10组不同样品中蛋白质的相对含量。
药物非靶向代谢组检测分析
随着代谢组学的发展，Clayton等于2006年提出了”药物代谢组学” (pharmaco metabonomics)的概念
PMF 鉴定(肽质量指纹图谱鉴定)
来源于电泳的蛋白点，蛋白条带，或者液相制备的纯品固体，液体等，经过适当酶解后，通过高效液相 HPLC，或者质谱 MS进行酶切组分的质量谱检测。
Shotgun（鸟枪法）蛋白质混合物鉴定
Shotgun（鸟抢法）蛋白质混合物鉴定的基本原理是蛋白质溶液或经过SDS-PAGE分离的蛋白质条带经过酶解后形成肽段混合物，肽段混合物经过一维液相色谱或二维液相色谱分离，串联质谱检测，然后通过在相应的数据库中检索，从而鉴定蛋白质