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蛋白质组学是当前生命科学研究的前沿领域。对蛋白质快速、准确的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的关键性的一步。采用MALDI-TOF-MS测得肽质量指纹谱（PMF）在数据库中查询识别的方式鉴定蛋白质，是目前蛋白质组学研究中最普遍应用的最主要的鉴定方法。

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运用SigmaFit算法为未知物的鉴定提准确质量和真实同位素分布模式。运用SmartFormula软件可以推算出化合物的确切分子量。

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代谢谱研究将生物标志物的发现研究提高到代谢组学的水平，它所提供的代谢谱是反映生理过程终点状况的重要指标。适用于代谢组学的模式识别和代谢物质谱鉴定等工具包为代谢组研究提供了完整的解决方案。micrQTOF-QⅡ强大的准确质量，真实同位素分布模式和碎片分析功能可提

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质谱鉴定蛋白质，是先将蛋白酶切消化成肽段，利用质谱进行检测，得到肽段的质量数。通过与数据库中的质量数进行匹配。从而检索出相应的蛋白质。为了得到更丰富的序列信息，质谱仪会自动的选取信号强度高于设定值的肽段进行再次破碎，得到二级质谱数据，进一步与数据库进

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根据MALDI-TOF的离线分析特点，可以将其应用于微生物的快速鉴定与分类，根据微生物种属不同,蛋白指纹图谱不同 应用biotyper软件分析，我们称这种方法为biotyper

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聚合物包括天然和合成两大类，聚合物的分析包括微观结构分析、各种物理化学性质研究、聚集态结构分析等。MALDI-TOF/TOF已成为测定聚合物分子质量和分析聚合物结构方面一个新的强有力的工具。从质谱中可以直观得到分子质量分布范围和重复单元等信息)可以测定整个分子质量

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蛋白质糖基化位点鉴定最常用的是多级质谱法，蛋白质经Trypsin酶切消化成肽段后，再用PNGase F进行糖链的酶切，得到肽段和糖链两个部分。对于肽段，通过高分辨一级质谱可发现与肽段分子量理论值比较存在0.986Da的质量漂移，则可确定发生了糖基化，二级质谱同时可测定中性

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3. 蛋白质组学中的质谱技术——肽序列标签技术（PST）:由于PMF鉴定结果的可靠性受诸多因素影响，使得部分鉴定结果往往不是十分明确，特异性不高。多肽氨基酸序列匹配被认为是特异性最好的鉴定方法。在蛋白质组学研究中，利用质谱测序一般采用两种方式：一种是利用串联质

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